Laboratoire Génétique des Tumeurs Solides
CHU de Nice

Faculté de Médecine
Laboratoire de génétique des tumeurs solides
28 avenue de Valombrose
06107 Nice Cedex 02

Pr. Florence PEDEUTOUR (coordinatrice de la plateforme)

Tél : 04 93 37 70 12 – 04 92 03 80 07
Fax : 04 92 03 75 29

Mail : lgts-sec-past@plateforme-moleculaire-cancer.chu-nice.fr

Le laboratoire de Génétique des Tumeurs Solides (LGTS) du CHU de Nice a été créé en 2004 lors du lancement du 1er Plan Cancer. Il fait partie du Pôle Laboratoires-Biologie-Pathologie du CHU de Nice et est situé au 5ème étage de la Faculté de Médecine, 28 avenue de Valombrose, 06107 Nice.

Le LGTS exerce une activité de cytogénétique moléculaire et génétique moléculaire somatique des tumeurs solides.

Les analyses réalisées par le LGTS sont à visées diagnostique, pronostique et théranostique (analyses prédictives de réponse à un traitement ciblé).

Alors que jusqu’à 2008, les activités du laboratoire étaient principalement orientées vers des aides au diagnostic, un bouleversement a eu lieu à partir de 2008 avec l’intégration dans les autorisations de mise sur le marché (AMM) de certaines thérapies ciblées, d’une obligation de réaliser des analyses moléculaires prédisant une résistance ou une sensibilité à ces traitements.

Analyses réalisées au laboratoire LGTS

Les activités du laboratoire reposent sur la pratique d’une gamme variée d’analyses, concernant un grand nombre de types de tumeurs solides de l’adulte et de l’enfant. Outre les analyses faisant partie des programmes de l’Institut National du Cancer, le LGTS est tout particulièrement spécialisé dans le domaine du diagnostic moléculaire des tumeurs conjonctives bénignes et malignes (sarcomes).

Les principaux types d’analyses réalisées au LGTS sont :

Pour plus de précision, vous trouverez la liste des analyses effectuées au LGTS dans le document lié: catalogue analyses LGTS v 012

  • La cytogénétique « conventionnelle » : établissement d’un caryotype des cellules tumorales après culture cellulaire. Ce type d’analyse n’est désormais pratiqué que dans certains cas particuliers et a été le plus souvent remplacé par des analyses moléculaires. Il reste néanmoins un recours dans diverses situations, malgré ses limites (difficultés de réalisation, faible sensibilité) car il s’agit d’une méthode donnant un panorama général des anomalies équilibrées (translocations, inversions…) et non équilibrées (gains, délétions) du génome.
  • La cytogénétique moléculaire : analyses par hybridation in situ en fluorescence (ou FISH, pour fluorescence in situ hybridization). Les analyses par FISH peuvent être effectuées sur des cellules en métaphase pour compléter le caryotype tumoral ou des cellules en interphase (noyaux cellulaires). Dans ce dernier cas, différents types de prélèvements peuvent être utilisés : suspension de cellules étalées sur des lames, coupes tissulaires fixées en formol et incluses en paraffine et déposées sur des lames, ou plus rarement appositions tumorales (empreintes), cryocoupes. Les analyses par FISH permettent de détecter une grande variété d’anomalies de structure ou d’anomalies quantitatives.
  • La cytogénomique moléculaire : analyses par hybridation génomique comparative sur micro-réseaux d’ADN (CGH-array). Ces analyses par CGH-array permettent, après extraction de l’ADN des cellules tumorales, de détecter des anomalies non équilibrées, c’est à dire des gains de chromosomes ou segments chromosomiques (gains modérés ou amplifications de haut niveau) ou des pertes (délétions). Ce type d’analyse représente l’avantage de bénéficier d’un haut niveau de précision et de pouvoir être réalisé à partir de prélèvements frais, congelés ou fixés en formol et inclus en paraffine
  • La biologie moléculaire. Les analyses de biologie moléculaire sont réalises à partir d’acides nucléiques, ARN ou ADN extraits du tissu tumoral.

Nous réalisons en majorité des analyses à partir de l’ADN tumoral. Il s’agit principalement de détection de mutations géniques dans des sarcomes, des adénocarcinomes, des mélanomes et des tumeurs cérébrales. Les méthodes utilisées varient en fonction des indications et du type de tumeur. Depuis juillet 2016, toutes les analyses de détection de mutations sont réalisées par séquençage de nouvelle génération (NGS), technologie PGM Ion Torrent (Life Technologies). Nous disposons de deux panels:   le panel « 22 gènes Ion Ampliseq Colon-Lung V2 » pour les cancers du colon et du poumon  et le panel « 50 gènes Ion Ampliseq Cancer Hotspot V2 » pour les mélanomes, GIST, tumeurs cérébrales et toutes tumeurs  (notamment celles relevant de la Réunion de Concertation Pluridisciplinaire moléculaire). En cas de nécessité de contrôle analytique, nous continuons à vérifier certaines mutations par les techniques classiques toujours utilisées dans le laboratoire : séquençage direct par méthode Sanger, pyroséquençage, PCR en temps réel par technologie Taqman.

Le LGTS réalise également des analyses par RT-PCR après extraction d’ARN tumoral dans le cadre de détection de gènes de fusion dans les sarcomes myxoïdes et des synovialosarcomes.

Comment effectuer une demande d’analyse cytogénétique ou moléculaire au LGTS ?

  • Analyses à visée diagnostique, pronostique ou théranostique :

Les prélèvements nous sont adressés par les laboratoires d’anatomie pathologique, à leur initiative ou sur demande du clinicien en charge du patient accompagnés de la fiche de demande d’analyse LGTS (LABO-GTS-DS-027: bon de demande LGTS v009,bon de demande BRCA v01

Les exigences pré analytiques sont consultables sur le document lié (LISTE CRITERES DE REFUS LGTS V003, exigences prenalytiques LGTS v011)exigences préanalytiques LGTS v010) et sont aussi disponibles sur le manuel de prélèvement extranet du CHU de Nice (Manuel de prélèvement du CHU de Nice).

  • Analyses dans le cadre du Programme Acsé-moléculaire (Acsé-crizotinib ou Acsé-vemurafenib) 

Voir la rubrique: Programme AcSé